El Jefferson Medical Collage de Filadelfia constituyó el preludio de lo que sería el sabio, reconocida como su Alma Máter obtiene el 10 de marzo de 1855 el título de Doctor en Medicina. Allí su profesor y tutor, el eminente Silas Weir Mitchell funcionó como principal motivación para la profunda incursión que inició Carlos J. Finlay en el terreno de la ciencia desde su época de estudiante e iluminó el camino hacia la medicina experimental. Además de su vínculo con el que fuera su preceptor científico, el sabio francés Claude Bernard.

En este ambiente cultural científico recibió Finlay enseñanza médica, literaria y humanística, imprimiendo un sello definitivo de amor al progreso científico y al liberalismo de opiniones.

Durante tres años trabajó intensamente como su alumno consiguiendo ser el primero, razón por la que en vano trató de persuadirlo para que se estableciera en Nueva York donde había una gran comunidad de cubanos y españoles.

…” Afortunadamente, para la ciencia, él no siguió mi consejo…” expresó el doctor Silas Weir Mitchell.

Sin dudas su práctica profesional en este país hubiera sido brillante, pero otros imperativos impulsaban a Finlay para ejercer su profesión en su patria, entre ellos la notable escasez de médicos, la lucha contra la fiebre amarilla, la endemia monstruosa que tronchaba en cifras pavorosas el caudal humano de las Antillas y la América Tropical.

Así abandonó a finales de 1855 las perspectivas económicas neoyorkinas por la senda de la patria sin imaginar siquiera que le reservaba la gloria de la inmortalidad científica.

Finlay egresaba de la escuela de medicina como un joven profesional con un pensamiento ya maduro e independiente, dotado para enfrentar los retos que le impuso el mundo de la ciencia a partir de esta fecha.

Su decisión para nada melló la imagen y prestigio en esta institución que le concedió un grado honorario en Leyes y fue nombrado Honorary Fellow del Colegio Médico de Filadelfia, honor por lo raro, casi único.